В соответствии с договорами о сотрудничестве Лицей «ИСТЭК» активно взаимодействует с ведущими вузами страны.
С каждым из ВУЗов наша частная школа взаимодействуют в рамках различных направлений:
1. Московский государственный университет им. Ломоносова. Лицей «ИСТЭК» представляет площадку Центра тестирования и развития МГУ.
2.Санкт-Петербургский государственный университет. Осуществляет проведение заключительного этапа Олимпиады СпбГу на базе нашего лицея
3. Московский государственный институт (университет) международных отношений. Осуществляется научно-методическая подготовка по иностранным языкам для обучающихся и педагогов. Планируется открытие класса МГИМО.
4. Высшая школа экономики. Лицей «ИСТЭК» является базовой школой в рамках образовательного пространства, на старшей ступени обучения открыты 10 и 11 классы ВШЭ.
5. Московский физико-технический институт. Проводит в Лицее заключительный тур олимпиады «ФИЗТЕХ». Обучающиеся выезжают на каникулах в г. Долгопрудный для знакомства университетом в рамках образовательной программы.
6. Кубанский государственный университет, Кубанский государственный технологический университет, Кубанский государственный аграрный университет. В рамках совместных договоров обучающиеся посещают лаборатории и научно-технические центры, профессорско-преподавательский состав выступает перед учениками с научно-популярными лекциями.
Кроме того, вузы оказывают лицею научно-методическую и профориентационную помощь, что позволяет привлекать для участия в процессе обучения ведущих ученых и преподавателей. Традиционным стало проведение на базе Лицея олимпиад и конкурсов, проводимых вузами-партнерами, встречи с представителями приемных комиссий по поступлению в университеты.